Pada tanggal 23 Desember 1957 di Jakarta berdiri PKBI (Perkumpulan Keluarga Berencana Indonesia, selanjutnya tahun 1967 PKBI diterima menjadi anggota Federasi Keluarga Berencana Internasional atau IPPF (International Planned Parenthood Federation). Dua tahun kemudian, tepatnya 1969 PKBI berdiri di DIY.  Berdirinya PKBI di DIY memberikan semangat dan kepedulian untuk mendirikan PKBI di Kabupaten Bantul. Sejak 1971 dengan dukungan istri Bupati saat itu sebagai Ketua, PKBI Bantul banyak melakukan aktivitas dalam bidang KB, KIA dan kepedulian terhadap perempuan. Sampai dengan tahun 1993 mendirikan klinik BKIA. Dinamika kepengurusan berjalan dengan baik. Hingga tahun 2006 mulai di inisiasi mengangkat Direktur Pelaksana Cabang untuk menjalankan aktivitas bersama dengan rekruitmen relawan untuk melakukan penjangkauan, pendampingan.

Bencana nasional gempa bumi di Bantul tahun 2006 khususnya merupakan suatu berkah bagi PKBI Bantul untuk semakin memantapkan diri sebagai organisasi yang memiliki komitmen kuat pada kesehatan reproduksi meskipun dalam keadaan darurat bencana. Respon terhadap gempa dengan menerjunkan klinik mobile ke masyarakat melalui layanan klinik kesehatan reproduksi, konseling, KB, pap smear, IVA, VCT (VCT untuk ibu hamil), advokasi kebijakan layanan kesehatan. Program pendampingan pada komunitas desa dengan melakukan live in bagi relawan (Community Organizer) menjadi embrio bagi program pendampingan komunitas desa sebagai upaya mereduksi stigma dan diskriminasi terhadap HIV-AIDS, pemberdayaan kelompok Pasangan Usia Subur.

PKBI Bantul dalam penggorganisasiannya hingga saat ini telah mampu mencapai situasi dimana telah lahir suatu Organisasi Berbasis Komunitas (CBO / Community Based Organization). CBO yang terbentuk terbagi dalam 3 komunitas. Pertama, Komunitas Remaja Sekolah yang peduli dengan isu kesehatan reproduksi tergabung dalam Youth Forum Bantul. Kedua, CBO berbasis komunitas desa ini tergabung dalam Forum Warga Peduli Kespro/HIV-AIDS yang berasal dari 6 desa di 3 kecamatan yang didampingi. CBO yang terbentuk juga mempunyai kepedulian terhadap komunitas yang dimarjinalkan, seperti Perempuan Pekerja Seks, LGBT dan remaja jalanan. Ketiga, CBO komunitas dimarjinalkan yang peduli akan pemenuhaan Hak Kesehatan Seksual dan Reproduksi.